Значи първото което схванах е че в главата ти е някаква каша
Интелигентния метод за изграждане на кочина е следния:
1) Решаваме че ще искаме кочина
2) Кочината ще поддържда до 3 прасета, значи трябва да е поне 2.5х2.5 метра
3) Прасетата трябва да се вкарат в кочината, ерго, трябва да предвиди начин да ги вкараме вътре. Най-удачно е с врата, макар че може да ги вкараме в тунел отдолу или да ги спускаме с кран през дупка в покрива
4) На прасетата трябва да се дава манджа и вода, т.е. през вратата трябва да минава човек. Но има и по-добро решение - да има дупка за наливане на манджата и водата в две корита
5) Лайната на прасетата трябва да се чистят. Т.е. човек трябва да влиза вътре, но може да се направи пода наклонен с дупка в него. Наливаме вода отгоре и всичко изтича само. За да не се лъзгат свинете ще направим пода грапав.
И т.н. и т.н. Като изясним всичко, вече знаем че ще строим наклонена кочина с грапав под, малка врата и корито до стената, а на пода и на стената до коритото има дупки съответно за лайна и ядене. Чертаем и ковем.
Твоя начин на изграждане на кочина е обратния - взимаме една стандартна кочина (плътен дървен куб със страна 3 метра), ръгаме от едната страна врата - и за прасета и за хора, за всеки случай. После слагаме корита за манджа и вода, ама къде точно не е важно - после може да ги преместим. Торта ринем в единия ъгъл, а като се натрупа много дупчим пода и за да изтича само повдигаме кочината от единия край...
Сега може спокойно да преминем от свинските в програмните термини
Първо не е ясно какво означава " Всеки потребител ще има собствена база която ще му служи като пощенска кутия" - отделен сървър с отделна база ли, отделна база на общ сървър или просто отделни записи за всеки потребител на един сървър с една база. Ако основната идея е да си разменят съобщения, първия и втория случай са изключително тъпи. Значи решаваме че базата ще е една, на един сървър и в нея ще се пазят съобщения от всеки до всеки. Това означава че просто ще имаме един форум, като този в който пишем
"PHP приложенията ще са това с което ще се зенимават самите потребители например може да има php приложение за управление на склад" - предполагаме че тея приложения ще са на същия сървър и ще могат да ползват същата база данни - абсолютно нормално и възможно. Ако приложенията са на различен сървър от тоя за форума е достатъчно просто да се направи web сервиз с PHP.
"То е ясно че може но от гледн точка на сигурноста ???" - сигурността на уеб приложение е достатъчно обширна тема, но и достатъчно стандартна - поставя се система за достъп чрез пароли (точно като в един форум) като критичните данни - номера на кредитни карти и прочее - се пращат през https.
"Другото което не ми е много ясно е може ли да се изведът view-та от mysql в web." - може. Всеки път като отвориш един клуб и вижаш едно view с теми.
"И последното нещо което много ме озадачава е какво ще стане ако имаме два или повече такива сървъри (Apache/PHP/MySQL) как може да става синхронизацията между тях" - това е репликация на данни, т.е. класическа задача.
И като синтезираме всички изисквания и отсеем глупостите от тях, получаваме:
1) един форум на PHP с административна част и база данни на MySQL
2) репликация на данните между няколко бази
3) разработване на други PHP приложения в далечното бъдеще, които да ползват логин системата на форума
Първата част може да се извърши като просто вземем един готов форум - имаше някакъв phpBB или нещо подобно и просто му сложим добри скинове.
Втората част е интересна доколкото може да е интересна репликация на база данни. Като знаем обаче че в един форум има определен (и твърде ограничен брой деиствия), можем просто да ги репликираме - т.е. отваряне, изтриване или промяна на тема, отваряне, изтриване или промяна на съобщение да се записват като лог във всяка база и при нужда да се препращат към другите бази.
Третата част като гледам ще бъде докторска дисертация
Изводите са следните: не може да се разработи добра система ако няма хубав план. А хубав план не може да има ако целите които се гонят не са ясни. А ако на някой не му е ясно какво прави но се напъва да го оформи в дипломна работа ще излезе просто една лошо скована кочина. Не може да стигнеш до някъде ако не знаеш накъде вървиш.

чети и дишай по-леко