Handle-a като цяло (не само handle-a на Thread-овете) е, нека така го кажем, индекс в локалната дескрипторна таблица на процеса. Тоест той е вид указател. Специфичното в този случай е, че не може да се прехвърля през границите на процесите - дори и някой друг процес да се "докопа" до него, то той не може да направи нищо с този handle, защото в неговото адресно поле той е невалиден.

От друга страна ThreadID-то е уникален номер на thread-а в системата (в този случай и измежду процесите). Не е пред мен MSDN-a, но процес, изпълняващ се с администраторски права, ако получи този ThreadID, би трябвало да може да получи и валиден Thread handle, а следователно и да манипулира thread-a.