Zdraveite,
Ne sum siguren dali tuk mu e miastoto na tozi vupros, no ste probvam.
Eto go i problema;
Imam subrana informacia za opredeln broi geni (niakolko stotin da rechem)(nivo , vreme i miasto na expresia, funkcia i tn). Iskam da napravia "searchable" baza danni i da se opitam da otkria dopulnitelni zavisimosti (patterns) v neia. (Vsushnost oste po-dobre ste e da ima dve bazi danni i da se se sravni nivoto na expresia na genite mezdu tiah, no tova maiche e tema za po-naprednali.)
I taka-prochetoh knizgki i reshih da optam s MySQL zastoto e free. Dobre , obache se okaza , che ne e free i edinstvenoto , koeto downloadnah ot saita beshe version4.0 za dvelopres. Eto go i purviat vupros:
Moga li da postroia istinska baza danni s tazi versia ili naistina tia e samo za developers?
I vtoriat vupros:
Ima li druga alternativa na MySQL ( free imam v predvid)?

Blagodaria predvaritelno i izviniavaite ako vi gubia vremeto s takiva elementarni vuprosi.

"In umbra, igitur, pugnabimus"

salle,подобна на повечето тук мрази маймуницата, а той е човека който може да ти окаже най-много помощ с MySQL.

Не знам какво си свалил би трябвало от:
http://dev.mysql.com/downloads/mysql/4.0.html
да си свалиш сървъра.
За да ползваш MySQL, трябва да си свалиш сървърната част, ако е необходимо да си свалиш клиентски библиотеки и разбира се да си направиш клиентско приложение, с което да вкарваш данни и т.н.
Можеш разбира се да ползваш доста модули на готово, така че с минимум работа да ти свършат каквото трябва.

ПП
Как виждаш клиентската част? Как смяташ да я правиш - PHP или C?

Bеer? Moooorrre?

Opitah na kirilica, no mi e trudno. Dori fonetichnata e tvurde razlichna (klaviaturata mi e nikakuv mesten (frenski) standart).

Osnovno poznaniata mi idvat ot tazi kniga:

Mastering Perl for Bioinformatics
James D. Tisdall

(imam ia na pdf ako te interesuva)
Zatova ako edin den stigna do intenet interface nai-veroiatno ste e PHP. ( Poznaniata mi v Perl sa vse oste ogranicheni, a C suvsem go niama.)

Za purvo vreme ste mi e dostatucno ako az sam moga da boravia s bazata danni, a za po-natatuk ste mu mislia.
Rаdvam se da naucha, che tova koeto sum downloadnal e napulno dostatuchno (za Windows).

Otivam da cheta dokumentaciata, i se nadiavam sledvastia put da doida s po-konkretni vuprosi.

Blagodaria bira_more

"In umbra, igitur, pugnabimus"

Това с генната информация е доста сериозен проблем за релационните бази данни.

Поне това с което съм се занимавал показва, че най-същественото изискване е да се търси по последователности (секвенции?) вътре в други такива последователности.

А това си е кошмар както и да го погледнеш. Даже май все още няма добре развита теория на такова търсене.

Съдържаниет е скрито
Влезте за да го видите

Za sekvenciite ste otchasti prav. Ako iskash da vidish do kakva stepen dve sekvencii sa identichni mozhesh da izpolzvash algoritmi bazirani na Hidden Markov Models i te rabotiat mnogo dobre. Ako iskash da otkriesh niakakuv po-osoben "pattern" naprimer mesta za "svurzvane" na transkripcionni faktori, HMM ne sa mnogo dobri i triabva da se izpolzvat drugi metodi: Neuronal Networks i tn.
Problemut pri nas (biolozite) e, che sme bukvalno zariti ot danni; sekvencii, funkcionalni vruzki, expression profiles, 3D structures i tn i tn. I sustestvuva realnata opasnost da sprem da razbirame kakvo tochno stava okolo nas.
Kakto i da e malko se otklonih. Za poveche informacia preporuchvam tazi kniga:

MIT Press - Bioinformatics The Machine Learning Approach 2nd Edition

Moiat proekt e mnogo po elementaren (ili pone na men taka mi se struva).

Iskam vsichki geni, koito me interesuvat da budat "podredeni" v baza danni kum vseki edin ot tiah ste ima "prikachena informacia" koiaro sum subral ot sobstveni eksperimenti ili ot drugi bazi danni. Tova e, i kogato da rechem zadam SEARCH geni 1.) svurzani s TGF signaling 2.) expresirani mezdy den 10 i 15 (v moita experimentalna sistema) da polucha list s otgovariastite na tezi dve uslovia geni.

Tova e v obsti linii. Blagodaria za proiaveniat interes.

"In umbra, igitur, pugnabimus"

здравей,

с интересен проблем си се сблъскал ...

виж BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) - мисля, че е точно, ама много точно предназначена за твоя проблем

Съдържаниет е скрито
Влезте за да го видите

Случайно погледнах какво си написал (по принцип не чета ако не е на кирилица)

"reshih da optam s MySQL zastoto e free. Dobre , obache se okaza , che ne e free i edinstvenoto , koeto downloadnah ot saita beshe version4.0 za dvelopres."

Нещо си се объркал и то много сериозно!

MySQL е лицензирана под GPL.
GPL е свободен лиценз.
Ако използваш MySQL при условията на GPL можеш да го използваш безплатно
Ако GPL не те устройва можеш да си платиш за не-GPL лиценз.


НЕ НЯМА ТАКОВА НЕЩО като MySQL за разработчици! (version4.0 za dvelopres)

Има
4.0 Standard - GPL
4.0 Max - GPL

4.0 Classic - платен лиценз
4.0 PRO - платен лиценз.

И четирите се компилират от един и същ изходен код. Разликата е единствено в текста на лизценза и опциите при компилиране.

С най-малко възможности е

Classic (платен лиценз)
Standard и Pro са с еднакви възможности
Max е компилиран със всичко което се поддържа.

Това което ти си свалил е Standard или Max. И двете са лицензирани под GPL. И двете са с пълни възможности и поддръжка в сравнение с платените версии. Дори безплатната Max версия може повече от платената Pro версия.

Ако утре решиш, че ти трябва поддръжка от MySQL AB (тя разбира се е с пари ) тя не е обвързана с лиценза.

Имаме клиенти, които използват MySQL точно за такава генна информация и го позлват под GPL

Колкото до твоя въпрос понеже явно не си навътре в базите данни съветът ми е следния:

Първо дефинирай какво ще искаш като Изход (Резултат) от запитванията към базата.
После намери някой който да ти помогне със дизайна на структурата на БД

Накрая и чак тогава прецени какво точно ще въвеждаш като данни.

Много чесот се тръгва по обратния път: "Имам ей такива данни. Слагам ги ей такива таблици. Ми сега какво да правя?" и резултатът обикновено е плачевен и трябва да се преработва многократно.

Съдържаниет е скрито
Влезте за да го видите

Frend, ti iavno si specialist po bioinformation. Veroiatno gotvish publikacia. Ste se osmelia da ti predloja da sysredotochish usiliata si vyrhu algoritmite, a za programiraneto nameri niakoi, koito mu razbira i go napravi syavtor - taka vsiaka jaba si znae giola :), koeto e mnogo po-efektivno.
Osven tova, osnovnia prinos, iavno e v algoritmite, a na teb povecheto vreme ste ti otide da uchish bazi danni i programirane.