|
Тема
|
molecular biology
|
|
Автор |
errata (Berserk) |
Публикувано | 02.06.04 15:15 |
|
Zdraveite,
Ne sum siguren dali tuk mu e miastoto na tozi vupros, no ste probvam.
Eto go i problema;
Imam subrana informacia za opredeln broi geni (niakolko stotin da rechem)(nivo , vreme i miasto na expresia, funkcia i tn). Iskam da napravia "searchable" baza danni i da se opitam da otkria dopulnitelni zavisimosti (patterns) v neia. (Vsushnost oste po-dobre ste e da ima dve bazi danni i da se se sravni nivoto na expresia na genite mezdu tiah, no tova maiche e tema za po-naprednali.)
I taka-prochetoh knizgki i reshih da optam s MySQL zastoto e free. Dobre , obache se okaza , che ne e free i edinstvenoto , koeto downloadnah ot saita beshe version4.0 za dvelopres. Eto go i purviat vupros:
Moga li da postroia istinska baza danni s tazi versia ili naistina tia e samo za developers?
I vtoriat vupros:
Ima li druga alternativa na MySQL ( free imam v predvid)?
Blagodaria predvaritelno i izviniavaite ako vi gubia vremeto s takiva elementarni vuprosi.
"In umbra, igitur, pugnabimus"
| |
|
salle,подобна на повечето тук мрази маймуницата, а той е човека който може да ти окаже най-много помощ с MySQL.
Не знам какво си свалил би трябвало от:
http://dev.mysql.com/downloads/mysql/4.0.html
да си свалиш сървъра.
За да ползваш MySQL, трябва да си свалиш сървърната част, ако е необходимо да си свалиш клиентски библиотеки и разбира се да си направиш клиентско приложение, с което да вкарваш данни и т.н.
Можеш разбира се да ползваш доста модули на готово, така че с минимум работа да ти свършат каквото трябва.
ПП
Как виждаш клиентската част? Как смяташ да я правиш - PHP или C?
Bеer? Moooorrre?
| |
|
Opitah na kirilica, no mi e trudno. Dori fonetichnata e tvurde razlichna (klaviaturata mi e nikakuv mesten (frenski) standart).
Osnovno poznaniata mi idvat ot tazi kniga:
Mastering Perl for Bioinformatics
James D. Tisdall
(imam ia na pdf ako te interesuva)
Zatova ako edin den stigna do intenet interface nai-veroiatno ste e PHP. ( Poznaniata mi v Perl sa vse oste ogranicheni, a C suvsem go niama.)
Za purvo vreme ste mi e dostatucno ako az sam moga da boravia s bazata danni, a za po-natatuk ste mu mislia.
Rаdvam se da naucha, che tova koeto sum downloadnal e napulno dostatuchno (za Windows).
Otivam da cheta dokumentaciata, i se nadiavam sledvastia put da doida s po-konkretni vuprosi.
Blagodaria bira_more
"In umbra, igitur, pugnabimus"
| |
Тема
|
Re: molecular biology
[re: errata]
|
|
Автор |
salle (един такъв) |
Публикувано | 02.06.04 19:49 |
|
Това с генната информация е доста сериозен проблем за релационните бази данни.
Поне това с което съм се занимавал показва, че най-същественото изискване е да се търси по последователности (секвенции?) вътре в други такива последователности.
А това си е кошмар както и да го погледнеш. Даже май все още няма добре развита теория на такова търсене.
| |
Тема
|
Re: molecular biology
[re: salle]
|
|
Автор |
errata (Berserk) |
Публикувано | 02.06.04 20:29 |
|
Za sekvenciite ste otchasti prav. Ako iskash da vidish do kakva stepen dve sekvencii sa identichni mozhesh da izpolzvash algoritmi bazirani na Hidden Markov Models i te rabotiat mnogo dobre. Ako iskash da otkriesh niakakuv po-osoben "pattern" naprimer mesta za "svurzvane" na transkripcionni faktori, HMM ne sa mnogo dobri i triabva da se izpolzvat drugi metodi: Neuronal Networks i tn.
Problemut pri nas (biolozite) e, che sme bukvalno zariti ot danni; sekvencii, funkcionalni vruzki, expression profiles, 3D structures i tn i tn. I sustestvuva realnata opasnost da sprem da razbirame kakvo tochno stava okolo nas.
Kakto i da e malko se otklonih. Za poveche informacia preporuchvam tazi kniga:
MIT Press - Bioinformatics The Machine Learning Approach 2nd Edition
Moiat proekt e mnogo po elementaren (ili pone na men taka mi se struva).
Iskam vsichki geni, koito me interesuvat da budat "podredeni" v baza danni kum vseki edin ot tiah ste ima "prikachena informacia" koiaro sum subral ot sobstveni eksperimenti ili ot drugi bazi danni. Tova e, i kogato da rechem zadam SEARCH geni 1.) svurzani s TGF signaling 2.) expresirani mezdy den 10 i 15 (v moita experimentalna sistema) da polucha list s otgovariastite na tezi dve uslovia geni.
Tova e v obsti linii. Blagodaria za proiaveniat interes.
"In umbra, igitur, pugnabimus"
| |
Тема
|
Re: molecular biology
[re: errata]
|
|
Автор | AcidMemory (Нерегистриран) |
Публикувано | 03.06.04 09:22 |
|
здравей,
с интересен проблем си се сблъскал ...
виж BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) - мисля, че е точно, ама много точно предназначена за твоя проблем
базата данни, която ползват, е направена специално за тази цел
ако дадеш имейл, мога да ти пратя и chm (това е тип windows help файл) с книгата - мога да се поразровя из книгите си, със сигурност имам поне 4-5 по биоинформатика
ще се радвам да влязат в употреба
| |
Тема
|
Re: малко встрани от темата ..
[re: errata]
|
|
Автор |
salle (един такъв) |
Публикувано | 03.06.04 13:58 |
|
Случайно погледнах какво си написал (по принцип не чета ако не е на кирилица)
"reshih da optam s MySQL zastoto e free. Dobre , obache se okaza , che ne e free i edinstvenoto , koeto downloadnah ot saita beshe version4.0 za dvelopres."
Нещо си се объркал и то много сериозно!
MySQL е лицензирана под GPL.
GPL е свободен лиценз.
Ако използваш MySQL при условията на GPL можеш да го използваш безплатно
Ако GPL не те устройва можеш да си платиш за не-GPL лиценз.
НЕ НЯМА ТАКОВА НЕЩО като MySQL за разработчици! (version4.0 za dvelopres)
Има
4.0 Standard - GPL
4.0 Max - GPL
4.0 Classic - платен лиценз
4.0 PRO - платен лиценз.
И четирите се компилират от един и същ изходен код. Разликата е единствено в текста на лизценза и опциите при компилиране.
С най-малко възможности е
Classic (платен лиценз)
Standard и Pro са с еднакви възможности
Max е компилиран със всичко което се поддържа.
Това което ти си свалил е Standard или Max. И двете са лицензирани под GPL. И двете са с пълни възможности и поддръжка в сравнение с платените версии. Дори безплатната Max версия може повече от платената Pro версия.
Ако утре решиш, че ти трябва поддръжка от MySQL AB (тя разбира се е с пари ) тя не е обвързана с лиценза.
Имаме клиенти, които използват MySQL точно за такава генна информация и го позлват под GPL
Колкото до твоя въпрос понеже явно не си навътре в базите данни съветът ми е следния:
Първо дефинирай какво ще искаш като Изход (Резултат) от запитванията към базата.
После намери някой който да ти помогне със дизайна на структурата на БД
Накрая и чак тогава прецени какво точно ще въвеждаш като данни.
Много чесот се тръгва по обратния път: "Имам ей такива данни. Слагам ги ей такива таблици. Ми сега какво да правя?" и резултатът обикновено е плачевен и трябва да се преработва многократно.
| |
Тема
|
Smelo davam obsti syveti :)
[re: errata]
|
|
Автор |
NikB (любопитен) |
Публикувано | 04.06.04 09:21 |
|
Frend, ti iavno si specialist po bioinformation. Veroiatno gotvish publikacia. Ste se osmelia da ti predloja da sysredotochish usiliata si vyrhu algoritmite, a za programiraneto nameri niakoi, koito mu razbira i go napravi syavtor - taka vsiaka jaba si znae giola :), koeto e mnogo po-efektivno.
Osven tova, osnovnia prinos, iavno e v algoritmite, a na teb povecheto vreme ste ti otide da uchish bazi danni i programirane.
| |
|
|
|
|