И още нещо. При мен MySQL върви на UID != 0, в chroot()'ed обкръжение, като самата база данни е инсталирана на отделен дял монтиран с noexec, nosuid, nodev и.т.н. Не е кой знае какво, но поне би ограничило щетите при евентуално влизане отвън.

За Linux-а вътрешно няма значение кое IP на кой интерфейс е. А това което искаш би трябвало да се получи ако ползваш iproute от пакета на Alexey Kuznetsov. Нещо от типа на:

ip route add aaa.aaa.aaa.aaa/32 table main via bbb.bbb.bbb.bbb src ccc.ccc.ccc.ccc dev eth0

Където aaa.aaa.aaa.aaa е адреса на MySQL сървъра, bbb.bbb.bbb.bbb е gateway-а който се ползва от PHP машината, а ccc.ccc.ccc.ccc е source адреса с който искаш да направиш обръщението.

Tova sus zaqvkite ne e normalno. Proveri dali alias IP-tata ne sa ti ot 1-na podmreja,
ako e taka, poradi obshtiq broadcast e vuzmojno da se poluchi efekta koito opisvash. Opitai da smenish maskata na alias IP-tata s 255.255.255.255.