При включване на РС започва чек на един от дяловете на хард диска - Д.
Прави го винаги.

Проверката на показва бад сектори и всичко си изглежда нормално.

От къде мога да го изключа или диска вече си заминава?

Съдържаниет е скрито
Влезте за да го видите

Изчакай го да изпълни докрай проверката. На следващия рестарт няма да има проверка. Ако спреш проверката, пак ще я има.

С каква система си и къв ти е партишъна - фат32 или нтфс?

нтфс, ХР SP2
Изчаквам винаги да приключи проверката, но при ново включване пак започва.

а изключването с shut down ли го правиш или от копчето, че е по-лесно и бързо?

Ето ти решението:

Влизаш с Regedit в регистрите и търсиш и променяш това:

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SessionManager]

променяш ключа "BootExecute" По подразбиране стои "autocheck"
трябва да изтриеш всичко от ключа.

Това, което си написал оправи нещата, но не разбрах какво е променило ключа - програма, вирус или нещо друго

Съдържаниет е скрито
Влезте за да го видите

За вирус-категорично "не" ! Не мога да си спомня в момента, но е софтуерен проблем......
Важното е, че си го решил.

Съдържаниет е скрито
Влезте за да го видите

всъщност не е решил проблема, а само го е заобиколил. За да се стартира ауточек всеки път си има причина и тя все още не е намерена.

Всъщност проблем няма! Това е една досадна функция на уиндоус.
Ето ти да четеш
http://www.raymond.cc/blog/archives/2008/02/23/disable-or-stop-auto-chkdsk-during-windows-startup/

Съдържаниет е скрито
Влезте за да го видите